Projekte

NFDI4BIOIMAGE ist ein Konsortium der  Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) e.V. in Deutschland. Unser Fokus liegt auf allen Schritten des Lebenszyklus von Forschungsdaten für die Mikroskopie und Bioimage-Analyse.

Projektziele:

• Standardisierung: Datenerfassung, Metadaten, Dateiformate, (Meta-)Datenmodelle, Ontologien, Annotationswerkzeuge, Datenprovenienz
• Speicherkonzepte und offene Repositories: Zugangs- und Übermittlungsanforderungen, Kapazität, langfristig vs. kurzfristig, verteilt vs. zentralisiert, Datenflüsse
• Datenintegration: Kombination mit -omics-Daten und anderen disziplinspezifischen Datentypen, integrative Datensatzabfragen, Interoperabilität, Schnittstellen
• Entwicklung von Bioimage-Informatik-Tools: Bioimage-Analyse, automatisierte KI-basierte Bioimage-Analyse-Pipelines, Workflow-Management und Reproduzierbarkeit, Interoperabilität von Analyse-Tools, Statistik und Modellierung
• Ausbildung: Schulungen, Workshops, Online-Tools, offene Ausbildungsformate
• Networking: internationale Harmonisierung, Wissensaustausch, Verbindung zu anderen NFDI-Konsortien und Nicht-NFDI-RDM-Initiativen

Projekte im  SFB 1557 führen zu komplexen, multidimensionalen Datensätzen. Sie erfordern eine Speicherung, Metadaten-Annotation und eine vollständige Dokumentation der Versuchsbedingungen, um die Standards der  FAIR Prinzipien zu erfüllen.

In Fortführung der im  SFB 944-eingeführten Bilddatenbank  OMERO zielt dieses INF-Projekt darauf ab, ein Datenmanagement für zusätzliche Datenformate zu etablieren. Darüber hinaus soll ein elektronisches Laborbuch (ELN)-System für die Anforderungen des SFB 1557 eingerichtet, um die Digitalisierung von instrumentellen und experimentellen Metadaten parallel zur Datengenerierung in Experimenten und Analysen zu ermöglichen.

Projektziele:

• Implementierung eines Standard-ELN- und Datenbanksystems für die Projekte des SFB 1557
• Datenaufbereitung für die Überführung der Daten in öffentliche Repositorien und Big-Data-Analysen
• Ausbildung im Umgang mit Daten und deren Verwaltung sowie Schulung der Forscher

Die von Susanne Kunis (CellNanOs, Osnabrück), Stefanie Weidtkamp-Peters (CAi, Düsseldorf) und Astrid Strauss (CECAD, Köln) initiierte Gruppe hat 2019 ihre Arbeit aufgenommen und beschäftigt sich mit dem Thema Forschungsdatenmanagement für die Mikroskopie ( RDM4mic Übersicht (PDF)). Zurzeit hat die Gruppe 76 Mitglieder aus verschiedenen Institutionen.

Thematische Schwerpunkte:

• Strategien für das Bilddaten-Management
• Anforderungen und Ressourcen für die Einrichtung eines lokalen Bilddaten-Repositoriums
• Verfügbare Software, Tools, Arbeitsabläufe und Standards
• Umgang mit dem Change-Management

I3D:bio hat das Ziel, das Management von Mikroskopie-Forschungsdaten in Deutschland zu erleichtern. Das Projekt ist in drei Arbeitspakete gegliedert (Bereitstellung, Kommunikation und Schulung, technische Infrastruktur), um die Projektergebnisse auf der Grundlage der Bedürfnisse der Gemeinschaft zu erstellen und iterativ zu verfeinern.

I3D:bio baut auf der Open-Source-Bilddatenmanagement-Plattform  OMERO (OME remote objects) auf. OMERO wurde von dem  Open Microscopy Environment (OME) Konsortium entwickelt.

Projektziele:  

• Unterstützung einer einfachen Installation von OMERO entsprechend den lokalen Bedürfnissen
• Entwicklung neuer Lösungen für die Bearbeitung von Metadaten in OMERO
• Erleichterung der Ablage von Mikroskopiedaten in geeigneten öffentlichen Repositorien
• Schaffung einer öffentlichen, offenen Datenbank für Qualitätskontrollmessungen (Metrologie-Datenbank)