Was ist OMERO?
OMERO ist eine kostenlose Client-Server-Plattform für das Management von Bilddaten. Von der University of Dundee und OME entwickelt, findet man OMERO seit 2016 auch an der Universität Osnabrück. Mittlerweile umfasst das Repositorium der Fachgruppe Biologie über 350 TB an Daten (Stand: Mai 2025).
Vom Mikroskop bis zur Veröffentlichung verwaltet OMERO alle Ihre Bilddaten auf einem sicheren, zentralen Server mit einer Datenbank für Metadaten. Über 150 Bilddateiformate werden unterstützt, darunter alle wichtigen Mikroskopformate.
Sie können Ihre Bilddaten von jedem Ort mit Internetzugang aus betrachten, organisieren, annotieren, analysieren und teilen. Arbeiten Sie mit Ihren Bildern über eine Desktop-Anwendung, über das Internet oder über Software von Drittanbietern.
Weitere Informationen finden Sie auf der OMERO Homepage.
- sicherer, zentraler Server
- persistente IDs
- Backup
- Audit Trail
- Zugriffs- und Rechteverwaltung
- integrierte domänenspezifische Standards
- Daten-Import/Export
- Daten-Analyse
- Daten-Sharing (Kollaboration)
- Daten-Publikation
- Organisieren und Annotieren von Daten
- Suchen und Filtern von Daten
Weitere Video-Tutorials finden Sie unter I3D:bio's OMERO Training Videos (YouTube).
Schmidt, C., Boissonnet, T., Dohle, J., Bernhardt, K., Ferrando-May, E., Wernet, T., Nitschke, R., Kunis, S., & Weidtkamp-Peters, S. (2024). A practical guide to bioimaging research data management in core facilities. Journal of microscopy, 294(3), 350–371. https://doi.org/10.1111/jmi.13317
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Burel, J. M., Besson, S., Blackburn, C., Carroll, M., Ferguson, R. K., Flynn, H., Gillen, K., Leigh, R., Li, S., Lindner, D., Linkert, M., Moore, W. J., Ramalingam, B., Rozbicki, E., Tarkowska, A., Walczysko, P., Allan, C., Moore, J., & Swedlow, J. R. (2015). Publishing and sharing multi-dimensional image data with OMERO. Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society, 26(9-10), 441–447. https://doi.org/10.1007/s00335-015-9587-6
Allan, C., Burel, J. M., Moore, J., Blackburn, C., Linkert, M., Loynton, S., Macdonald, D., Moore, W. J., Neves, C., Patterson, A., Porter, M., Tarkowska, A., Loranger, B., Avondo, J., Lagerstedt, I., Lianas, L., Leo, S., Hands, K., Hay, R. T., Patwardhan, A., … Swedlow, J. R. (2012). OMERO: flexible, model-driven data management for experimental biology. Nature methods, 9(3), 245–253. https://doi.org/10.1038/nmeth.1896
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