Sein Forschungsinteresse gilt Themen des religiösen und religionsbezogenen Lernens und Lehrens – im schulischen Religionsunterricht, aber auch darüber hinaus, etwa im Kontext heterogenitätsfähiger, interreligiöser oder antisemitismuskritischer Bildung. Einen Forschungsschwerpunkt stellt die Frage nach zukunftsfähigen Modellen des Religionsunterrichts dar, aktuell in einem DFG-Projekt zur Implementationsforschung zur Einführung des neuen niedersächsischen Schulfachs „Christliche Religion“.
In seinen Lehrveranstaltungen möchte Prof. Woppowa angehende Religionslehrkräfte auf diese herausfordernde Zukunft vorbereiten – forschungsnah und praxisbezogen, um sie für die Gestaltung religiöser Bildungsprozesse kompetent zu machen.